财税[2009]59号文将资产重组的税务处理分为一般性税务处理和特殊性税务处理，其中一般性资税务处理的基本原则是：
（一）企业法律形式改变
根据59号文第四条（一）中规定，企业法律形式改变的税务处理可以分为两种情况：
1、企业由法人转变为个人独资企业、合伙企业等非法人组织，或将登记注册地转移至中华人民共和国境外（包括港澳台地区）。
该种情况应视同企业进行清算、分配，股东重新投资成立新企业。企业的全部资产以及股东投资的计税基础均应以公允价值为基础确定。
企业需要关注的是，对企业清算的所得税处理应以《关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]60号）为依据。例如：A公司拥有资产账面价值500万元，计税基础480万元，公允价值600万元。A公司于2009年5月1日变更为B合伙企业。A公司应将2009年1月1日至5月1日作为清算期计算清算所得。该清算所得为A公司全部资产可变现价值或交易价格，减除资产的计税基础、清算费用、相关税费，加上债务清偿损益等后的余额。假定A公司清算所得为100万元，其应交清算所得税25万元。计算清算所得税后，再计算A公司股东的股息所得和投资转让所得（或损失）。股息所得为股东分得的剩余资产中相当于A公司累计未分配利润和累计盈余公积中按该股东所占股份比例计算的部分。投资转让所得（或损失）是股东分得的剩余资产减除股息所得后的余额，超过或低于投资成本的部分。在对A公司进行依法清算、分配后，B合伙企业的资产和股东投资应以公允价值确定计税基础。
2、企业发生其他法律形式简单改变
该情形指注册名称改变、地址变更等。根据59号文第四条（一）中规定，可直接变更税务登记，但另有规定的除外。有关企业所得税纳税事项（包括亏损结转、税收优惠等权益和义务）由变更后企业承继，但因住所发生变化而不符合税收优惠条件的除外。
（二）企业债务重组
对于企业债务重组的一般税务处理，可分为以下两种情况：
1、以非货币资产清偿债务
2、债权转股权
根据59号文第四条（二）中规定，上述债务重组的税务处理同《企业会计准则第12号——债务重组》中处理相一致，即分解为转让相关非货币性资产、按非货币性资产公允价值清偿债务两项业务（以非货币资产清偿债务）或分解为债务清偿和股权投资两项业务（债权转股权），确认相关资产的所得或损失。债务人应当按照支付的债务清偿额低于债务计税基础的差额，确认债务重组所得；债权人应当按照收到的债务清偿额低于债权计税基础的差额，确认债务重组损失。债务人的相关所得税纳税事项原则上保持不变。
现举例如下：
甲公司欠乙公司购货款350000元。由于甲公司财务发生困难，短期内不能支付已于2008年5月1日到期的货款。2008年7月1日，经双方协商，乙公司同意甲公司以其生产的产品偿还债务。该产品的公允价值为200000元，实际成本为120000元。甲公司为增值税一般纳税人，适用的增值税税率为17％。乙公司于2007年8月1日收到甲公司抵债的产品，并作为库存商品入库。
（1）甲公司的税务处理：
①计算债务重组利得：应付账款的账面余额（同计税基础一致）350000
减：所转让产品的公允价值　200000
增值税销项税额　（200000×17%）34000
债务重组利得　116000
该债务重组利得填于《企业所得税年度纳税申报表》附表一第23行。
②应作会计分录：
借：应付帐款　350000
贷：主营业务收入　200000
应交税费——应交增值税（销项税额）　34000
营业外收入——债务重组利得　116000
借：主营业务成本
120000
贷：库存商品
120000
③因该重组事项应确认应纳税所得额：200000—120000＋116000＝196000
应纳所得税：196000×25%＝49000
（2）乙公司的账务处理：
①计算债务重组损失：
应收账款账面余额　350000
减：受让资产的公允价值　200000
增值税进项税额　34000
债务重组损失　116000
该债务重组利得填于企业所得税年度纳税申报表附表二第20行。
②应作会计分录：
借：库存商品　200000
应交税费——应交增值税（进项税额）　34000
营业外支出——债务重组损失　116000
贷：应收账款　350000
（三）股权收购和资产收购
根据59号文第四条（三）中规定，股权收购和资产收购均按以下规定处理：
1、被收购方应确认股权、资产转让所得或损失。
2、收购方取得股权或资产的计税基础应以公允价值为基础确定。
3、被收购企业的相关所得税事项原则上保持不变。
现举例说明如下：
2008年3月，A公司以500万元的银行购买取得B公司经营性资产，B公司资产总额为2000万元，A公司购买的经营性资产账面价值400万元，计税基础450万元，公允价值500万元。
2008年12月，B企业将非现金资产（见下表2）转让给A企业，A企业支付B企业控股子公司股权和非股权支付额（见下表1），完成资产转让。（其他税费忽略不计）
表1：A公司（收购方）　单位：万元
（见附表1）
注：A公司控股子公司股权按成本法核算。
表2：B公司（被收购方）　单位：万元
（见附表2）
注：B公司设备会计处理为加速折旧，多计提的折旧以前年度已作纳税调增。
1、B公司会计处理如下：
借：长期股权投资　300
可供出售金融资产　150
贷：固定资产——不动产　100
固定资产——设备　150
营业外收入　200
B公司税务处理：
会计确认营业外收入200万元，其中50万元为设备转让计税基础与账面差异，因以前年度多计提的折旧已作纳税调整，故可在当年度汇算清缴时作纳税调减50万元处理（填报在所得税纳税申报表附表三第19行），另150万元为资产转让所得，税法上确认为应税所得。
2、A公司会计处理为：
会计分录：
借：固定资产——不动产　300
设备 150
贷：长期股权投资　200
可供出售金融资产　150
投资收益＊100
A公司的税务处理：
取得的固定资产（不动产和设备）的计税基础为其公允价值300万元和150万元。
（四）企业合并
企业合并，根据59号文第四条（四）中规定，当事各方应按下列规定处理：
1、合并企业应按公允价值确定接受被合并企业各项资产和负债的计税基础。
2、被合并企业及其股东都应按清算进行所得税处理。
3、被合并企业的亏损不得在合并企业结转弥补。
现举例说明如下：
2008年6月30日，P公司向S公司的股东支付银行存款1000万元对S公司进行吸收合并，并于当日取得S公司净资产。假定S公司在2008年6月30日资产账面价值2500万元，公允价值3000万元，负债账面价值1500万元，公允价值2000万元，则P公司应按资产公允价值3000万元和负债公允价值2000万元确定其计税基础。S公司被吸收合并后，应进行清算，并依据《企业所得税法》、《企业所得税法实施条例》及财税[2009]60号文中相关规定计算S公司及其股东应交纳所得税。S公司的亏损不得在P公司结转弥补。
（五）企业分立
企业分立，根据59号文的规定，可以分为两种情况：
1、存续分立存续分立时，被分立企业股东取得的对价应视同被分立企业分配进行处理。
2、新设分立新设分立时，被分立企业及其股东都应按清算进行所得税处理。
同时无论是存续分立还是新设分立，被分立企业对分立出去资产应按公允价值确认资产转让所得或损失；分立企业应按公允价值确认接受资产的计税基础。
尤其需要提醒企业注意的是，在一般分立重组中，企业分立相关企业的亏损不得相互结转弥补。
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