第五十八条
中华人民共和国政府同外国政府订立的有关税收的协定与本法有不同规定的，依照协定的规定办理。
「释义」
本条是关于税收协定优先权的规定。
本条规定与原外资税法的有关规定是一致的，原外资税法第二十八条规定："中华人民共和国政府与外国政府所订立的有关税收的协定同本法有不同规定的，依照协定的规定办理。"
国际税收协定也称作"国际税收条约"，它是指两个或两个以上的主权国家，为了协调相互间在处理跨国纳税人征税事务和其他有关税收方面的关系，按照国际法有关主权和平等原则，由政府谈判签订的一种书面协议或条约。国际税收协定处理的问题包括：有关国家之间的双重课税问题，取消税收差别待遇问题，税收的优惠待遇问题以及相互配合减少国际间的逃税问题等。国家间由于税收问题引起的矛盾冲突，通常都通过双边或多边税收协定来加以规范和消除。在大多数国家，税收协定都是其国际税收规范的重要内容。目前，世界上共有2000多个关于所得税的双边税收协定在有效执行，而且这个数字还在不断增加。这些协定绝大多数都以经济合作与发展组织（OECD）的协定范本为基础。联合国（UN）的协定范本与OECD范本大致相似，但有一些不同的条款。多边税收协定也有一些，但迄今为止影响不是很大，北欧各国就签署了一个税收征管方面的多边协定。另外，OECD和欧洲理事会发起了一个《多国税收征管协助公约》。在《世界贸易组织成立协议》中也有关于所得税的重要规定，这些规定主要用来防止以所得税作为隐蔽的贸易壁垒或出口补贴。
税收协定是国与国之间签订的条约，属于国际公法，税收协定等国际法的效力优先于国内法是国际上的通行做法，是保证税收协定得以顺利实施的要求。这是基于"条约必须遵守"的国际公法原则，是缔约国的责任。如果没有税收协定的优先权，参加缔约国以本国宪法、法规的规定拒绝履行国际义务，那么税收协定就可能成为一纸空文，这也违背了协定签署国的初衷。
国际税收协定适用优先和国家的税权自主并不冲突，主要原因，一是税收协定是签署国政府根据自主意愿进行谈判而签订的；二是国际税收协定的内容、规则在实施中要依靠国内法的规定加以实施，或者补充而具体化，两者从根本上具有同等的法律地位；三是在税收协定优先的实施中，不少国家在国内法中明文规定条约（协定）优先，比如荷兰、法国等，我国也在国内立法实践中也采取了这一办法，如《民事诉讼法》、现行《外商投资企业和外国企业所得税法》等。
截至2006年9月，我国已经和88个国家和地区签订了税收协定，其中包括内地和香港、澳门特别行政区签订的税收安排。草案中第六十三条表述，应包括我国政府和其他地区签订的税收协定，以及与我国香港、澳门特别行政区签订的税收安排。对此，应在根据本法制定的实施条例中明确：本法实施后的港、澳企业继续比照境外企业征收企业所得税。
第五十九条
国务院根据本法制定实施条例。
「释义」
本条是关于授权国务院制定实施条例的规定。
本条规定与原外资税法的有关规定是一致的，原外资税法第二十九条规定："国务院根据本法制定实施细则。"同时，根据新的立法法的立法规范性要求，实施条例将不称为细则，将命名为《中华人民共和国企业所得税法实施条例》。
制定这一条授权性条款，主要考虑到新税法的规定比较原则，为了新税法的贯彻落实，需要国务院制定收入、优惠和扣除等方面的具体规定，以实施条例的形式发布实施。
在税收法制建设的过程中，由于立法条件不成熟等方面的原因，立法机关有时也进行一定的授权立法，赋予国家*6行政机关有限的税收立法权。根据我国《立法法》第九条的规定，尚未制定税收法律的，全国人民代表大会及其常委会可以授权国务院先制定税收行政法规。在20世纪80年代，全国人大及其常委会在税收立法方面对国务院作了一些授权，具体包括：1984年全国人大常委会对国务院在实施国营企业利改税和改革工商税制过程中拟定并发布有关税收条例草案的授权；1985年全国人大对国务院在经济体制改革和对外开放方面可以制定暂行的规定或者条例的授权。根据这些授权，国务院制定了许多税收条例草案，推进了税制改革，为经济体制改革的顺利进行提供了制度保证。这在我国当时的情况是十分必要的。随着我国法治建设水平的不断提高，社会主义市场经济体制的逐步完善，对外开放步伐进一步加快，迫切需要适应新形势和新情况，根据《立法法》的规定和税收法定原则的国际通行做法，对现行税收授权立法问题进行研究，进一步完善我国的税收立法制度。
但本条规定的授权，与上述人大常委会的授权性质不同，这一条是授权国务院为实施法律的需要而制定实施条例，立法法中已有规定，其实立法法已经作了总的授权；而上述人大常委会的授权属于制定税收实体法的授权，将来条件成熟后都应收回制定法律，这次新税法就是将原来的内资税法由授权立法收回由人大立法。
新法具体规定授权国务院制定条例，是体现《立法法》的要求，有利于保证税收法律的稳定性。一部法律一般都需要经过十年以上的时间实施后再行修订，但由于经济和社会的发展日新月异，需要税收优惠根据形势发展的需要做出及时的调整。在临时或特殊状态下，通过全国人大来修订法律，程序和时间上的要求都比较严格。而通过全国人大授权国务院来制定企业所得税专项优惠政策，可以减少法律修订的次数，有利于保证法律的稳定和维护法律的严肃性，较为及时、灵活，更能符合实际情况和国民经济和社会发展的需要。
第六十条
本法自2008年1月1日起施行。1991年4月9日第七届全国人民代表大会第四次会议通过的《中华人民共和国外商投资企业和外国企业所得税法》和1993年12月13日国务院发布的《中华人民共和国企业所得税暂行条例》同时废止。
「释义」
本条是关于新法施行时间和旧法废止时间的规定。
本条的规定，与原外资税法和内资税法有关规定基本一致，原外资税法第三十条规定："本法白一九九一年七月一日起施行。《中华人民共和国中外合资经营企业所得税法》和《中华人民共和国外国企业所得税法》同时废止。"原内资条例规定，条例自一九九四年一月一日起施行；同时，将《中华人民共和国国营企业所得税条例（草案）》和《国营企业调节税征收办法》、《中华人民共和国集体企业所得税暂行条例》、《中华人民共和国私营企业所得税暂行条例》同时废止，并规定国务院有关国有企业承包企业所得税的办法同时停止执行。
（一）税法施行时间
根据中华人民共和国主席第六十三号令，《中华人民共和国企业所得税法》已由中华人民共和国第十届全国人民代表大会第五次会议于2007年3月16日通过，自2008年1月1日起施行。本法第六十条也规定，"本法自2008年1月1日起施行".
在税法草案研究阶段，曾讨论过本法的施行之日是公布日，还是同老外资税法一样确定为公布当年的7月1日，还是次年的1月1日。最终本法的施行之日定为公布次年即2008年的1月1日。这是因为：一是在2007年3月全国人民代表大会通过以后，为保证本法的顺利实施和新旧税法的工作衔接，国务院还要研究制定和发布税法的实施条例，和本法同时实施；二是税务征管部门和纳税人需要学习和掌握新税法，相关征管基础工作也需要准备和落实；三是制定的新税法也需要向社会各界和海内外做广泛的宣传；四是将施行之日定为1月1日，作为一个纳税年度的起始，便于企业核算应纳税所得税额，符合企业所得税制度的内在要求。
（二）旧法的废止时间
法律的失效办法一般有：一是宣布失效，包括在新制定的法律中宣布旧法失效和专门发布决定宣布失效；二是自动失效，即新的法律制定后，并不宣布被替代的旧法失效，但由于旧法的规定要么被新法的规定替代，要么与新法的规定冲突，应当自动生效。本条的规定，属于*9种情况。
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