一、企业需要重新认定方能享受税收优惠
《指引》规定，2007年底前国家高新技术产业开发区（包括北京市新技术产业开发试验区）内、外已按原认定办法认定的仍在有效期内的高新技术企业资格依然有效，但在按《认定办法》和《工作指引》重新认定合格后方可依照《企业所得税法》及其实施条例等有关规定享受企业所得税优惠政策。企业亦可在资格到期后申请重新认定，但在重新认定期间只能执行25%税率。
根据《国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策的通知》（国发[2007]39号）规定，2008年1月1日起，2007年3月16日以前经工商等登记管理机关登记设立的企业，原享受企业所得税“两免三减半”、“五免五减半”等定期减免税优惠的企业，可以享受过渡优惠政策，即继续按原税收法律、行政法规及相关文件规定的优惠办法及年限享受至期满为止，但因未获利而尚未享受税收优惠的，其优惠期限从2008年度起计算。
举例：2006年设立在北京新技术产业开发试验区的某企业，如果其在2007年底前已经取得新技术企业资格，并且该资格在过渡期内始终有效。企业在过渡期内是否需要重新认定方可继续享受过渡优惠，目前有两种观点：
一种观点认为，该企业的高新资格在过渡期内有效，国发[2007]39号文规定，该企业可享受税收优惠至过渡期满，不需要重新认定。如果企业在原新技术企业资格期满之后未能重新获得高新资格认定，那么即使在过渡期内，该企业也应适用25%的企业所得税税率。
另一种观点认为，即使企业在过渡期内仍处于39号文所说的减免税期及同时也在原有高新企业资格有效期内，也应及时办理重新认定后方能继续享受39号文中所说的减免税优惠政策。
我们更倾向于第二观点。企业过渡期内的各项指标符合〈认定办法〉规定的标准是企业继续享受过渡期优惠政策的前提，即企业在过渡期内仍处于39号文所说的减免税期及同时也在原有高新企业资格有效期内，也应及时办理重新认定后方能继续享受39号文所说的减免税优惠政策。在《指引》的前言中也已经强调，“2007年底前国家高新技术产业开发区内、外已按原认定办法认定的仍在有效期内的高新技术企业资格依然有效，但在按《认定办法》和《工作指引》重新认定合格后方可依照《企业所得税法》及其实施条例等有关规定享受企业所得税优惠政策。”企业如何理解和操作，还需等待总局相关文件明确。
国发[2007]40 号规定，2008年1月1日（含）之后完成登记注册在深圳、珠海、汕头、厦门和海南经济特区上海浦东新区内在的国家需要重点扶持的高新技术企业，在经济特区和上海浦东新区内取得的所得，自取得*9笔生产经营收入所属纳税年度起，可享受二免三减半（25%的减半）的优惠税率的优惠政策。
目前的问题是，由于〈办法〉规定高新技术企业为在中国境内（不包括港、澳、台地区）注册一年以上的居民企业，因此，如果企业在2008年取得*9笔收入，由于其成立未满一年，2008年无法认定为高新企业，若2009年被认定为高新企业，但企业也只能在2009年享受最后一年的免税政策。
二、拥有核心自主知识产权
根据国家知识产权局在2006年统计数据显示，我国99%的企业没有申请知识产权，申请了知识产权的企业只有0.17%有发明专利。因此，中国目前很多企业并不拥有核心自主知识产权。办法规定，企业与他人签订五年以上的在全球范围内独占该项许可权利的方式取得知识产权的独占许可，可以达到认定需要的条件。值得注意的是，由于代表企业核心竞争力的核心技术和发明专利几乎被国外企业垄断，申请者要取得全球范围内的独占许可权当前具有一定的困难，一些此前打擦边球的企业将失去高新技术企业的资格。
三、注重研发费用规划和使用
研究开发费用的归集与核算是一项基础性工作，它不仅关系到申请认定能否通过，还涉及计算企业所得税时技术开发费的加计扣除问题，对企业的利益有很大的影响。
《工作指引》给了我们一张《研究开发费用结构归集》样表，和《企业年度研究开发费用结构明细表》基本相似。在日常核算中企业应在“管理费用”明细账下设“研发费用”明细账，按各“研发项目”归集核算“内部研究开发投入”和“委托外部研究开发投入”。这样发生的全部研发费用就在一本账上反映，把在准备申请认定材料时要做的工作，当成日常事务给做了。既可以便于申请认定时注册会计师的审计核对，也有利于计算应纳税所得额时技术开发费的加计扣除，主管税务机关审核起来也方便。在填写《企业年度研究开发费用结构明细表》只需抄录注册会计师的审计报告即可。
折旧费用、无形资产摊销在研发工作开展后发生的设备折旧和无形资产摊销可直接计算，这里提请注意的是以前购置的，现在用于研发项目的固定资产和无形资产账务处理。企业可根据批准的“研发项目”立项报告，把“固定资产”和“无形资产”的管理部门调整为研发机构，以便正确计算折旧和摊销额。
设计（规划）费用、装备调试费这些费用往往是发生在企业内部中，没有多少外来原始凭证，事后很难收集和核实，比如调试设备的次数和每次消耗电费、相关技术工人的人工。所以，企业应按内部核算的要求，做好原始记录和凭证，及时履行审批程序，逐月结算入账。
委托外部研究开发费用要注意项目成果及与企业主要业务紧密相关是衡量外部研发费用能否计入的重要因素。在签订委托合同时，应当特别注明。另外，发生的全部委托外部研发费用在申请认定时只能按80%计算，但在计算加计扣除时则没有这样的限制。
其他费用，如办公费、差旅费、通讯费、专利申请维护费、高新科技研发保险费等，实际上也就是研发过程中发生的间接费用。一般不得超过研究开发总费用的10%.
《指引》讨论稿中包括差旅费一项，虽然正式文件没有列举差旅费，我们认为也要将其列入“其他费用”。
企业应建立一个完善的会计核算体系或者改进现有的会计核算系统，以便能够准确记录并按项目、类型对研发费用进行归集，以符合办法和《指引》的要求。
四、加强人力资源方面的管理
除了办法所规定的研发人员占企业当年职工总数要达到一定比例外，即企业具有大学专科以上学历的科技人员占企业当年职工总数的30%以上，研发人员占企业当年职工总数的10%以上。指引还强调，研发人员应是与企业签订了劳动合同并累计实际工作时间在183天以上的人员。包括企业兼职或临时聘用人员，全年须在企业累计工作183天以上。和老办法相比，需累计工作183天以上是指引中提出的新的规定。
企业应加强在人力资源方面的管理，以保证申报材料的真实、可靠。
工作内容描述、考勤表以及年度绩效考核、劳动合同等资料，是申请高新技术企业资格时证明符合研发人员要求的强有力的支持材料。大部分的人力资源部门应当可以提供这样的信息记录。企业应设有专门的科研人员名册，一方面便于申请认定时对科研人员比例要求的核对，另一方面，便于在费用归集时的相互对应。企业应与科研人员订有劳动合同，缴纳社会保险，强调科技人员在企业工作时间每年不低于半年（183天）。在支付科研人员人工时，可以考虑集中制表，保持连续，和劳动合同相一致。
五、调整产业活动
企业产业活动若不符合《国家重点支持的高新技术领域》的规定，将难以通过高新认定，面临税收优惠政策终止的风险。企业应按照《国家重点支持的高新技术领域》的规定合理规划企业的产业活动、服务类别，进行合理的筹划和重新的审查和评估。
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