工资调节税按年计征、按次预缴、年终汇算清缴。年度终了，纳税人不论当年工资是否增加或增加多少，都应在次年二月四日以前，向当地税务机关报送年度纳税申报表和有关的会计报表。
纳税人在纳税年度内增发的工资总额，超过国家核定的上年工资总额的7％时，纳税人每次增发工资，都应按规定向当地税务机关报送工资基金(工资增长基金)表和纳税申报表。税务机关审查核实后，填发纳税缴款书，限期入库。
年度终了后，纳税人应于35日内填报纳税申报表，经税务机关审查核定，其少缴的税款应补缴入库，多缴的税款由税务机关办理退库手续或冲抵次年应纳税款。
对纳税人填报的上年工资基金表中所列的工资总额发放数，如有不符合国家规定的数额，税务机关有权予以剔除，并照章征税。
纳税人当年的工资增长基金余额，不够缴纳税款、罚款和滞纳金时，应先用自有资金垫付，然后再从下年度提取的工资增长基金中归还。税务机关同时处以1万元的罚款。
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