近年来，随着“三农”政策的逐步落实和农业产业化进程的不断加快，从事农业产品收购、加工业务的纳税人日益增多，在经济税源中所占的比重呈增长趋势。但是，在税收管理上，由于增值税专用发票的管理逐步规范，利用“四小票”进行税收违法活动的情况有增多趋势，凸显了加强此类行业税收管理的必要性。
农产品加工企业税收管理现状
由于农产品收购点多面广、灵活多变，再加上一些企业纳税意识不强，行业整体税负明显偏低，已成为税收征管工作中的一大难题。通过进行深入的调研和分析，发现农产品加工企业在税收管理中存在以下五个方面的问题。
交易的真实性难以掌握。一是农产品收购凭证开具的随意性较大。由于农产品收购凭证都是由纳税人自己填开，加上目前从事农产品加工企业大多是民营企业，财务核算、原材料管理等制度不是十分健全，而会计、仓库保管等关键岗位大多由投资者或其亲属直接控制，收购发票如何填开完全由自己掌握，收购发票的金额、数量和对象的真实性难以掌握，这样就为企业采用少进多开、低进高开、无业务虚开等手段虚增进项税额提供了可能。二是农产品收购点多面广，以民间交易为主，存在大量的现金交易。三是农副产价格变化快，等级评判标准不明确。税务机关不能对纳税人当时的收购业务进行监控情况下，事后核实其以前的收购数量、金额，难度很大。
收购对象难以区分。当前，农产品供应有多种形式，有农业生产者自产自销的、有“中间商”提供原料供应的、有公司加农户（即企业提供种子、肥料等，由农户种植，再由企业统一回购销售）形式种植销售农产品的、有委托代收的等等，农产品供应形式的多样性，决定了收购对象的不同，而农产品收购凭证的法定开具对象是农业生产者，企业在收购农产品时，因收购凭证使用的主动权在自己手中，加上要取得普通发票供应商通常会加价，所以实际操作中，企业往往会混淆收购对象，一律按农业生产者使用收购凭证。
物耗水平难以掌控。一是由于农副产品大多有保管时限，损耗系数较大，特别是农副食品制造行业，原材料大多是鲜活农产品，易腐烂变质，且农产品有难以盘点的特点，对这一部分损失，税法规定不作增值税进项税额转出处理，从而多抵扣进项税额。同时，企业以农产品中掺杂泥沙、水分等杂物影响投入产出比为借口，人为扩大投入量，虚增原材料数量。二是农副产品由于其产地不同，其成份含量有所区别，投入产出比也就不同，企业往往会以成份含量低为借口，扩大投入量，虚增原材数量。三是农业生产者素质不高，存在小农意识，在农副产品中掺杂泥沙、水分、杂物等情况普通存在，企业购入原材料多少更难以掌控。
业务范围难以界定。一是农副产品经营者身份难以确定、贩卖行为难以区分，经营者有相当部分是当地农民，甚至农副产品经营者本身也是农业生产者，将自身农副产品与其他生产者的农副产品收购后一齐卖给企业，要明确划分自产还是经销，十分困难；二是对收购已经加工而不属于“初级”农产品范围的产品难以界定，企业在购进加工过的农产品时，换算成初级农产品的数量、金额开具收购凭证，税务机关事后核查其真实性是很困难的；三是对农工贸一体企业难以区分。按现行政策规定，纳税人以自产免税农产品为原料，不得开具收购发票抵扣进项税额。但事实上，为了增加进项税额、降低税负，即便是纳税人自产的农产品，也会通过虚假的承包、租赁、出售或与他人合伙等形式，获取使用收购发票的“资格”，以达到多抵扣税款的目的，而在财务核算、合同、协议等证明材料齐全的情况下，税务人员根本不可能区分哪些是向农业生产者收购的，哪些是纳税人自己生产的。
税务检查难以取证。调查取证是税务检查中关键的环节，证据确凿与否直接影响和决定税务违法案件处理。由于税务检查事后进行，对虚开收购发票的取证，在找不到最直接、最原始的登记账册、凭证等依据时，按现行税务案件证据收集、确认的要求和标准，想通过事后查核和收集过硬的证据，几乎是不可能。所以，对农产品加工的纳税人的检查，“取证难”也是一个需要破解的难题。
农产品加工企业税收管理问题的分析
农产品加工企业存在的上述问题，可以说全国各地税务机关有目共睹，成为增值税管理的重点和难点之一。虽然各地在调查研究的基础上，出台了许多管理措施、制度和办法，但是，对改善农产品加工企业的税收管理秩序效果甚微，反而增加了基层税收机关和税收管理员的工作量。
因此，笔者建议，国家应调整农产品加工行业税收政策，实行超税负返还。税务机关把管理的重点放在自产商品的流入和资金的流入方面。具体设想如下：
一是实行农产品收购环节不抵扣制度。农产品加工企业收购农产品不受供应方限制，仍然开具农产品收购发票，但不再按照收购金额计算进项税额。收购发票金额必须与付款金额一致、数量与过磅单、入库单一致，检验等级标准和化验单等可作为凭证附件，或者存档备查。
二是对增值税一般纳税人销售的自产产品，按适用税率征收增值税后，对其增值税实际税负超过3%的部分实行即征即退政策，所退增值税税款为企业所得税的不征税收入。
三是强化企业库存商品明细分类核算。企业的库存商品核算必须到最明细的分类，并按月盘点，做到账实相符。
四是加强资金流动管理。实行银行账号全部备案制度，收付金额超过一定数量必须通过银行账号支付，企业应将银行对账单存档备查。
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