《企业资产损失税前扣除管理办法》（国税发[2009]88号）规定，企业发生的资产损失，应在按税收规定实际确认或者实际发生的当年申报扣除，不得提前或延后扣除。因各类原因导致资产损失未能在发生当年准确计算并按期扣除的，经税务机关批准后，可追补确认在损失发生的年度税前扣除，并相应调整该资产损失发生年度的应纳所得税额。调整后计算的多缴税额，应按照有关规定予以退税，或者抵顶企业当期应纳税款。但纳税人对该事项如何操作存在诸多疑惑，如是否可以结转以后年度扣除、如何抵顶或退税等。2009年12月31日，国家税务总局下发《关于企业以前年度未扣除资产损失企业所得税处理问题的通知》（国税函[2009]772号），明确企业以前年度未能扣除的资产损失企业所得税处理问题。
该文明确，企业以前年度（包括2008年度新企业所得税法实施以前年度）发生，按当时企业所得税有关规定符合资产损失确认条件的损失，在当年因为各种原因未能扣除的，不能结转在以后年度扣除；可以按照《中华人民共和国企业所得税法》和《中华人民共和国税收征收管理法》的有关规定，追补确认在该项资产损失发生的年度扣除，而不能改变该项资产损失发生的所属年度。因此，企业以前年度未扣除的资产损失，经主管税务机关批准确认后，不能在确认年度税前扣除，只能追补确认在该项资产损失发生的年度扣除。
具体税务处理上，如果因追补确认在该项资产损失发生的年度扣除，而导致该年度多缴纳的企业所得税税款，可在审批确认年度企业所得税应纳税款中予以抵缴，抵缴不足的，可以在以后年度递延抵缴；如果因追补确认在该项资产损失发生的年度扣除，而导致该年度出现亏损，首先应调整资产损失发生年度的亏损额，然后按弥补亏损的原则计算以后年度多缴的企业所得税税款，并按前款办法进行税务处理。
举例
2008年甲企业有部分列入固定资产管理的电子设备进行了报废处理，净值全额报废金额为300万元，另外在清理过程中发生50万元的资产清理费用。当年度企业收集齐全的报损证据，并委托税务师事务所出具鉴证报告，确认损失金额350万元，但由于相关资料传递不及时，在2008年度所得税汇算清缴时没有统计这个损失，多缴了税款。2009年末，企业准备年度所得税汇算清缴时发现了该笔损失，再次向税务机关审批确认该损失金额，2010年1月10日，该损失金额经主管税务批准确认。请问在2009年度所得税汇算清缴时对该事项如何处理。假设2008年应纳税所得额400万元，应缴已缴应纳所得税额为100万元，2009年度账面经纳税调整处理后的应纳税所得额2000万元，应纳所得税额500万元，2008、2009年企业适用25%税率。
分析
根据国税函[2009]772号文件，企业以前年度未扣除的资产损失，经主管税务机关批准确认后，不能在确认年度税前扣除，只能追补确认在该项资产损失发生的年度扣除。由于损失金额小于2008年度以确认应纳税所得额，从而可以确认2008年多缴企业所得税税款87.5万元（350×25%=87.5），该金额可以在2009年度企业所得税应纳税款中予以抵缴，抵缴不足的，可以在以后年度递延抵缴。2009年度账面经纳税调整处理后的应纳所得税额500万元，可以抵缴因该事项2008年多缴的87.5万，实际应缴企业所得税税额412.5万元（500-87.5=412.5）。
假设2008年应纳税所得额200万元，由于小于350万元，而导致该年度出现亏损150万元，首先应调整资产损失发生年度的亏损额，2008年应确认亏损额150万元，可以用来弥补以后年度应纳税所得，2009年弥补2008年经追补损失后的亏损额150万元后，应纳税所得额为1850万元（2000-150=1850），应纳所得税额462.5万元（1850×25%=462.5）。
另外提醒纳税人注意的是，关于抵顶税款，根据《税收征管法》规定，纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还；纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还；涉及从国库中退库的，依照法律、行政法规有关国库管理的规定退还。当纳税人既有应退税款又有欠缴税款的，税务机关可以将应退税款和利息先抵扣欠缴税款，抵扣后有余额的，退还纳税人。笔者认为企业以前年度未扣除资产损失企业所得税处理既可以按国税函[2009]772号文件处理，也可以按征管法的相关规定处理，应该不存在矛盾的地方。如果企业打算申请注销，不再持续经营，出现上述事项，可以申请退税。
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