《财政部、国家税务总局关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]60号）第五条第二款规定：被清算企业的股东分得的剩余资产的金额，其中相当于被清算企业累计未分配利润和累计盈余公积中按该股东所占股份比例计算的部分，应确认为股息所得；剩余资产减除股息所得后的余额，超过或低于股东投资成本的部分，应确认为股东的投资转让所得或损失。
新税法下，除了财税[2009]60号中清算股权所得税处理，需要区分股息性质所得与股权转让所得之外，其他情形下发生的股权转让，应如何处理？
我们先来看一下原税法下对这个问题的处理规定：《国家税务总局关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》（国税发[2000]118号）中“企业股权投资转让所得和损失的所得税处理”规定：企业股权投资转让所得或损失是指企业因收回、转让或清算处置股权投资的收入减除股权投资成本后的余额。企业股权投资转让所得应并入企业的应纳税所得，依法缴纳企业所得税。被投资企业对投资方的分配支付额，如果超过被投资企业的累计未分配利润和累计盈余公积金而低于投资方的投资成本的，视为投资回收，应冲减投资成本；超过投资成本的部分，视为投资方企业的股权转让所得，应并入企业的应纳税所得，依法缴纳企业所得税。
《国家税务总局关于企业股权转让有关所得税问题的补充通知》（国税函[2004]390号）又补充明确：
一、企业在一般的股权（包括转让股票或股份）买卖中，应按《国家税务总局关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》（国税发[2000]118号）有关规定执行。股权转让人应分享的被投资方累计未分配利润或累计盈余公积应确认为股权转让所得，不得确认为股息性质的所得。
二、企业进行清算或转让全资子公司以及持股95%以上的企业时，应按《国家税务总局关于印发〈企业改组改制中若干所得税业务问题的暂行规定〉的通知》（国税发[1998]97号）的有关规定执行。投资方应分享的被投资方累计未分配利润和累计盈余公积应确认为投资方股息性质的所得。为避免对税后利润重复征税，影响企业改组活动，在计算投资方的股权转让所得时，允许从转让收入中减除上述股息性质的所得。
可以看出，原税法下对股权处置成本的认定分三种情形：1.因被投资方清算而处置股权；2.转让全资子公司以及持股95%以上的企业；3.上述两种之外的一般股权买卖。
上述*9种和第二种情形的处理是一致的，即投资方应分享的被投资方累计未分配利润和累计盈余公积确认为投资方股息性质的所得；而第三种情形下，股权转让所得应全部认定为股权转让性质的所得，不得将投资方应分享的被投资方累计未分配利润和累计盈余公积确认为股息性质的所得。
原税法下区分两种所得的意义在于企业所得税的处理不同。股息性质的所得根据《国家税务总局关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》（国税发[2000]118号）*9条规定，凡投资方企业适用的所得税税率高于被投资企业适用的所得税税率的，除国家税收法规法规的定期减税、免税优惠以外，其取得的投资所得应按法规还原为税前收益后，并入投资企业的应纳税所得额，依法补缴企业所得税。即我们通常说的“补差”。而股权转让所得是作为财产转让收益全额并入应纳税所得额计税的。
我们再来看一下新税法下对这个问题的处理规定。
目前，新法下涉及居民企业之间股权转让的政策规定有四项：
1.《中华人民共和国企业所得税法实施条例》（国务院令2007年第512号）第十一条第二款规定，投资方企业从被清算企业分得的剩余资产，其中相当于从被清算企业累计未分配利润和累计盈余公积中应当分得的部分，应当确认为股息所得；剩余资产减除上述股息所得后的余额，超过或者低于投资成本的部分，应当确认为投资资产转让所得或者损失。
2.上述规定与《财政部、国家税务总局关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]60号）第五条第二款规定一致：被清算企业的股东分得的剩余资产的金额，其中相当于被清算企业累计未分配利润和累计盈余公积中按该股东所占股份比例计算的部分，应确认为股息所得；剩余资产减除股息所得后的余额，超过或低于股东投资成本的部分，应确认为股东的投资转让所得或损失。
3.《中华人民共和国企业所得税法实施条例》（国务院令2007年第512号）第七十一条规定，企业所得税法第十四条所称投资资产，是指企业对外进行权益性投资和债权性投资形成的资产。
企业在转让或者处置投资资产时，投资资产的成本，准予扣除。
投资资产按照以下方法确定成本：（一）通过支付现金方式取得的投资资产，以购买价款为成本；（二）通过支付现金以外的方式取得的投资资产，以该资产的公允价值和支付的相关税费为成本。
4.《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）是对股权转让涉及企业重组情形时处理规定。其中将股权转让时是否确认转让收益，体现在重组为一般重组还是特殊重组中。一般重组要将股权处置进行相应股权转让或清算的所得税处理；而特殊重组中，需要将新取得股权的计税基础，以其原持有股权的计税基础确定。对交易中的股权支付暂不确认有关资产的转让所得或损失的，其非股权支付仍应在交易当期确认相应的资产转让所得或损失，并调整相应资产的计税基础。
纳税人根据财税[2009]59号规定，确定重组股权需要进行转让或清算处理时，企业所得税处理原则仍应遵从上述清算股权或正常转让处置股权的原则。
根据《中华人民共和国企业所得税法》（中华人民共和国主席令2007年第63号）第二十六条规定，符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益为免税收入：同时《中华人民共和国企业所得税法实施条例》（国务院令2007年第512号）第八十三条又进一步明确，所称符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益，是指居民企业直接投资于其他居民企业取得的投资收益，但不包括连续持有居民企业公开发行并上市流通的股票不足12个月取得的投资收益。
新法下符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益为免税收入，这一规定与原税法有很大区别，也使得纳税人更关心清算情形以外的正常股权转让能否也区分两种所得。很多纳税人也在猜测，国家税务总局是否还会出台类似原国税函[2004]390号的规定，是否对清算处置情形之外的股权转让还要进一步区分？新税法下，符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益，属于免税收入，那清算与正常转让处置股权，为什么对这部分所得的处理结果却不一样？纳税人是否重复纳税？
通过下面的例子，相信大家心里就已经有了答案。
例：2008年1月1日，A公司投资200万元与B公司在境内新设甲公司，A公司占40%股权。假设A公司适用所得税率为25%.*9种情形：2009年10月31日，A公司将该股权转让给C公司，协议转让价350万元。当日甲公司所有者权益累计未分配利润和累计盈余公积为100万元；第二种情形：2009年10月31日，因种种原因，甲公司决定清算，当日甲公司所有者权益中累计未分配利润和累计盈余公积为100万元。A公司从甲公司分得剩余资产350万元。
计算*9种情形下A公司该股权处置环节的应纳企业所得税：1.直接确定投资转让所得或损失350-200=150万元2.A公司应纳企业所得税：150×25%=37.5万元再来计算第二种情形下A公司该股权处置环节的应纳企业所得税：
1.先确定股息所得：100×40%=40万元
2.再确定投资转让所得或损失：（350-40-200）=110万元
3.40万元股息所得按照新税法，属于免税收入。
4.A公司应纳企业所得税：40×0+110×25%=27.5万元上述两种情形下A公司的纳税金额差异，正是股息性质所得40万的处理不同引起的。
根据《中华人民共和国企业所得税法实施条例》（国务院令2007年第512号）第十七条第二款规定，股息、红利等权益性投资收益，除国务院财政、税务主管部门另有规定外，按照被投资方作出利润分配决定的日期确认收入的实现。应该说，这个规定对理解上述股权转让成本不同的确定非常关键。
在清算环节，股东A公司是被清算甲公司累计未分配利润和累计盈余公积的最终受益者，这部分利润不再会产生分配环节，按照新税法规定，在这个环节享受股息所得免税的优惠规定也就在情理之中了；而*9种情形下，甲公司存续期间，受让方C公司在甲公司对100万元累计未分配利润和累计盈余公积作出利润分配决定的日期，会确认这部分股息收入的实现，同时依据新税法享受股息所得免税的优惠规定。如果A公司将该股权转让给C公司环节即将该100万元累计未分配利润和累计盈余公积中按持股比例确认为股息所得，同一金额两方重复享受优惠，显然是不符合税法规定的。
所以，通过上面的分析，我们认为新税法下居民企业之间股权转让成本的认定，目前可以按以下几种情形掌握：
一、正常转让处置股权，转让收入减除股权投资成本后余额计税，不区分转让所得与利息所得；
二、因清算而处置股权，与原规定一致，按财税[2009]60号规定处理，区分转让所得与利息所得；
三、连续持有居民企业公开发行并上市流通的股票不足12个月时转让，与正常转让股权相同，不区分转让所得与利息所得；对于股权转让涉及企业重组的情形，根据《关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）文件规定判断，需要确认股权转让所得的，按上述一处理；需要按清算进行所得税处理的，按上述二处理。
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