为了堵塞税收管理中的漏洞，国家税务总局下发了《关于加强股权转让所得征收个人所得税管理的通知》（国税函[2009]285号），对个人股权转让过程中的涉税问题作了原则性规定。文件明确，股权转让交易各方签订股权转让协议，但没有完成股权转让交易的，企业在向工商行政管理部门申请股权变更登记时，应填写《个人股东变动情况报告表》，并向主管税务机关申报；完成股权转让交易以后，负有纳税义务或代扣代缴义务的转让方或受让方，应到主管税务机关办理纳税申报，并持税务机关开具的股权转让所得缴纳个人所得税完税凭证或免税、不征税证明，到工商行政管理部门办理股权变更登记手续。
文件要求各地税务机关要高度重视股权转让个人所得税征收管理，主动加强与工商部门的协作，获取个人股权转让信息；进一步规范股权转让所得个人所得税征管流程，建立完整的管理链条和内部控管机制；对申报的计税依据明显偏低且无正当理由的，可参照每股净资产或个人股东享有的股权比例所对应的净资产份额核定。
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