为加强企业所得税与个人所得税的协调管理，国家税务总局日前发布关于加强个人工资薪金所得与企业的工资费用支出比对问题的通知（国税函[2009]259号），要求各地地税机关要对辖区不低于实际汇算清缴企业总户数的10%的企业进行比对查验，发现问题，于11月前上报。
《通知》要求，各地国税局应于每年7月底前，将所辖进行年度汇算清缴企业的纳税人名称、纳税人识别号、登记注册地址、企业税前扣除工资薪金支出总额等相关信息传递给同级地税局。地税局应对所辖企业及国税局转来的企业的工资薪金支出总额和已经代扣代缴个人所得税的工资薪金所得总额进行比对分析，对差异较大的，税务人员应到企业进行实地核查，或者提交给稽查部门，进行税务稽查。2009年，地税局进行比对分析的户数，不得低于实际汇算清缴企业总户数的10%。信息化基础较好的地区，可以根据本地实际扩大比对分析面，直至对所有汇算清缴的企业进行比对分析。
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