问：1.公司发给个人的通讯补助、交通费可以在缴纳个人所得税计算应纳税额时扣除吗？
2.扣除标准提高到1600后，住房补贴还能在税前扣除吗？
答：1、关于通讯补助、交通费个人所得税前扣除问题
国家税务总局关于个人所得税有关政策问题的通知
国税发[1999]58号
二、关于个人取得公务交通、通讯补贴收入征税问题
个人因公务用车和通讯制度改革而取得的公务用车、通讯补贴收人，扣除一定标准的公务费用后，按照"工资、薪金"所得项目计征个人所得税。按月发放的，并入当月"工资、薪金"所得计征个人所得税；不按月发放的，分解到所属月份并与该月份"工资、薪金"所得合并后计征个人所得税。
公务费用的扣除标准，由省级地方税务局根据纳税人公务交通、通讯费用的实际发生情况调查测算，报经省级人民政府批准后确定，并报国家税务总局备案。
根据上述的规定，对个人因公务用车和通讯制度改革而取得的公务用车、通讯补贴收人，扣除当地税务机关规定的一定标准公务费用后，按照"工资、薪金"所得项目计征个人所得税。公务费用的扣除标准，各地规定不一，具体标准请咨询当地税务机关执行。以下是云南省地方税务局的规定，仅供参考。
云南省地方税务局关于工资、薪金所得征免个人所得税问题的通知
云地税二字[2003]145号
一、我省个人取得的工资、薪金所得，在减除200元的补贴、津贴扣除标准的基础上再提高200元，另增加200元的通讯补贴费用扣除。即：个人取得的工资、薪金所得，以每月收入额减除费用800元（国家统一规定的减除费用标准）的基础上，再减除600元的补贴、津贴扣除标准后的余额，为应纳税所得额。
二、再减除600元的补贴、津贴扣除标准的范围包括：我省发放的"三项补贴"收入、独生子女补贴、家属成员的副食品补贴、托儿补助、交通补贴、误餐补贴、伙食补贴、取暖补贴、住房补贴、医疗补助费或医药费包干、边疆津贴等各项津贴、补贴收入以及通讯补贴收入。
三、通讯费用实行实报实销的，不得再扣除200元的通讯补贴。
2、关于住房补贴个人所得税前扣除问题
财政部、国家税务总局关于住房公积金、医疗保险金、养老保险金征收个人所得税问题的通知（财税字[1997]144号）第三条明确规定，企业以现金形式发给个人的住房补贴、医疗补助费，应全额计入领取人的当期工资、薪金收入计征个人所得税。但对外籍个人以实报实销形式取得的住房补贴，仍按照《财政部、国家税务总局关于个人所得税若干政策问题的通知》（财税字[1994]20号）的法规，暂免征收个人所得税。
根据上述规定，企业以现金形式发给个人的住房补贴，应全额计入领取人的当期工资、薪金收入计征个人所得税。但对外籍个人以实报实销形式取得的住房补贴，仍按照《财政部、国家税务总局关于个人所得税若干政策问题的通知》（财税字[1994]20号）的法规，暂免征收个人所得税。但是，目前各地已全面推进住房货币化分配工作，并且各地均已制定出对实行住房分配货币化后，具体的职工住房补贴标准规定，对职工取得的在规定标准以内的住房补贴，可免征个人所得税；例广西《自治区地方税务局关于住房补贴征收个人所得税问题的通知》（桂地税发[2006]122号）规定，根据《自治区人民政府印发广西壮族自治区关于进一步深化城镇住房制度改革加快住房建设实施办法的通知》（桂政发[1998]63号）、《自治区人民政府关于对我区住房补贴方案进行部分调整的通知》（桂政发[2001]94号）两个文件规定的住房补贴标准和发放对象向职工发放的住房补贴，暂免征收个人所得税。因各地规定不一，贵公司的具体执行请咨询当地主管税务机关。