一是目标申报。科技部门负责对各项计划实施期间（2014-2016年）的预计实现收入、增加税收、解决就业、新增知识产权、企业存活率等情况设定绩效目标值，财政部门组织中介机构进行论证和复核。二是定期跟踪。年度终了时，由科技部门对各项目标值年度完成情况，以及项目申报、验收、资金拨付等情况，进行绩效跟踪分析。财政部门和中介机构进行重点抽查，对偏离目标值较大的，查找分析原因并督促整改，同时适当调整下一年资金分配。三是绩效评价。计划完成后，由中介机构对科技三项经费进行绩效评价，项目扶持资金绩效由财政部门根据绩效目标完成情况进行评价。